1993 yılında Güneydoğu Anadolu Bölgesi’nde geçen ‘Nefes - Yer Eksi İki’, hikayeleri kesişen üç farklı karaktere odaklanıyor. Tayfun Yüzbaşı, 2 bin metre yükseklikte bir karakolun komutanıdır. Tatlı sert emir komuta yönetimi, pratik zekası ve adil tavırları ile altları ve üstleri tarafından sevilen Tayfun Yüzbaşı'nın tek amacı, zorlu coğrafyayı herkes için güvenli bir hale getirmektir.
‘Hayat’, kendisine dayatılan hayatı kabul etmeyip evinden kaçan genç bir kızın hikayesini anlatıyor. Genç bir kadın olan Hicran, babasının zoruyla nişanlanmak zorunda kalınca çareyi kaçmakta bulunur. Hicran'ın zaten onunla evlenmeyi istemediğini düşünen Rıza, başlarda bu durumu önemsemez. Ancak zaman geçtikçe Hicran tarafından istenmemek zoruna gitmeye başlar ve onunla yüzleşmeye karar verir. Rıza, sadece bir kere gördüğü nişanlısını bulmak için İstanbul'a gider.
Şatoda yaşayan uysal bir kedi olan Vincent, şatoyu sel basınca zor durumda kalır. Bu durum üzerine akıllı bir fare olan Maurice, Vincent'ı kurtarır. Antik ve eski bir piyano içine saklanan ikili, piyanonun sele kapılmasıyla kendilerini denizde bulurlar. Piyanoyu bulan bir grup denizci, içinde saklanan Maurice ve Vincent ile birlikte piyanoyu müzeye teslim eder. Dünyaca ünlü eserlerle dolu olan müzede ikisi, müzenin koruyucuları olan bir grup kediyle karşılaşır. Grup, müzedeki eserleri kemirgenlerden korumaya çalışmaktadır. Vincent, koruyucuların güvenini kazanıp onlarla arkadaş olmak için uğraşırken bir yandan da eski tabloları kemirmeye bayılan Maurice'i kedi grubundan gizlemeye çalışır.
12 Eylül sonrası karanlık zamanlarda bir gece güvenlik güçleri insan avına çıkarak dokuz zanlıyı toplar. Ancak zanlılardan biri karakola götürülürken kaçınca işler karışır. Güvenlik ekibinin başı üstlerine dokuz kişiyi karakola götürdükleri bilgisini vermiştir. Duruma çözüm bulmaya çalışırlarken yanındaki asistandan bir öneri gelir; sokakta gördükleri simitçiyi kaçan firarinin yerine götüreceklerdir. Bir bakışta naif ve masumluğu anlaşılacak olan simitçinin en fazla bir gece nezarette tutulup sonrasında masum olduğu anlaşılıp salınacağını düşünerek planı uygulamaya karar verirler. Ancak yaşanan bir dizi yanlış anlaşılmalar ve simitçinin naifliğiyle her şey birbirine karışır ve simitçi kendisini idama doğru yürürken bulur.
‘Kral Fil’, kral olma yolunda türlü zorluklarla mücadele eden bir filin hikayesini anlatıyor. Eritre adalarından birinde yaşayan filler, kralın oğlu olan Şadfil'in doğumunu kutlamaktadır. Ancak bu sırada vahşi avcıların lideri Asfal, hayvanları Yemen kralına satmanın yolunu arar. Heyecanla doğumu beklenen Şadfil'in dış görünüşü tüm kabileyi hayal kırıklığına uğratıp türlü sorunlara neden olsa da adaya yapılan saldırılara karşı tavır sergilediği gün herkesin onu benimsemesine yol açar. Pervasız Fare ile arkadaşlığıyla daha da güçlenen Şadfil, kral olma yolunda türlü zorluklarla mücadele eder.